По това време Скопие се намираше в много тежко положение, защото страната беше стисната като в менгеме от юг и север, от Гърция и Сърбия, които не искаха да се примирят с нейното съществуване и загубата на общата граница, помагаща им да имат водещо положение на Балканите.
Атина поведе битка срещу Македония под претекст, че последната краде нейната антична история и може да има териториални претенции. Този конфликт, който Гърция водеше на няколко фронта – дипломатически и икономически, чрез блокада на границата, заплашваше с колапс Македония.
Тогава единствено България се притече на помощ, отваряйки своята граница и пристанища за македонския износ и внос. Бургас в средата на 90-те години стана най-голямото пристанище на балканската страна без морски излаз.
През 1999 г. в Македония беше избран първият демократичен президент Борис Трайковски от Струмица, който направи много стъпки по посока на интеграцията на неговата страна в западните организации, а също така за създаването на нормални българо-македонски отношения. За съжаление този процес спря с неговата трагична гибел при самолетна катастрофа в началото на 2004 г.
От 2006 до 2016 г. Македония беше в плен на управлението на Никола Груевски. Неговият режим постави под контрол цялата икономика и обществени отношения, всеки несъгласен с него имаше само една възможност – да напусне страната. През този период се засили така наречената антиквизация, според която днешните македонци са потомци на онези антични народи, живели по тези територии преди повече от 2000 години.
Тази невярна от историческа точка теза не само промиваше мозъците и тровеше съзнанието на младите поколения, създавайки им фалшиви основания за национално самочувствие, но работеше директно в полза на чужди държави и интереси. А те си бяха поставили за цел – раздалечаването на Македония и България.