Към края на ХІІ и началото на ХІІІ век е изградена зимната църква на манастира „Свети Архангели”, така че да се свързва с чардаците от втория етаж на западното крило, където са били монашеските килии. Манастирът е оцелял при турското нашествие в края на 14 век. Смята се, че след превземането на столицата Търново и падането на България под османско иго, в него е бил заточен последният български патриарх Евтимий Търновски, а в началото на 15 век тук работят неговите ученици. Този факт превръща Бачковския манастир във важна светиня за българите.