В търсене на истината къде са архивите, които Скопие трябва да отвори, пет институции в Македония дават три различни отговора.
Всичко, което се намира в Държавния архив, вече е достъпно
След подписването на протокола остава неизяснен въпросът къде са документите, за които официална София настоява, че трябва да бъдат общодостъпни.
Според информация от Държавния архив на РС Македония, досега при тях са постъпили около 36 000 досиета на следените между 1945 и 1990 г. лица. Най-голямата част от тях са получени от затвора в Идризово, а по-малък брой – от Министерството на вътрешните работи.
Досиетата са предоставени в рамките на процеса на лустрация, проведен в страната през изминалото десетилетие. От Държавния архив са на мнение, че подписаното в протокола с България не се отнася до тези досиета, тъй като те вече са отворени, а голяма част от тях са публикувани през 2016 г. в 10-томно издание на архива, озаглавено „Черните страници на УДБА”.
Става въпрос за обемисто издание от 13 000 страници голям формат.
От Държавния архив допускат, че Министерството на вътрешните работи вероятно разполага с още архивни единици, тъй като съществува практиката МВР да не им предава всичко, което притежава.
От самото министерство пък твърдят, че са предали всички архиви в Агенцията за национална сигурност и в Агенцията за разузнаване.
Според неофициални източници на Агенцията за разузнаване, там няма никакви досиета и те винаги са били на съхранение в МВР и в Управлението за сигурност и контраразузнаване, преименувано сега на Агенция за национална сигурност (АНС).
„В началото на 90-те години досиетата се товареха в камиони, изнасяха ги от МВР и ги изгаряха на други места”, твърди Павле Траянов.
Според Траянов, който има голям опит като служител в МВР и негов ръководител от 1998 до 1999 г., огромна част от досиетата е унищожена, а останалата малка част е качена на микрофилми и се съхранява в МВР. Според него, в момента тези документи би трябвало да са в АНС.